24 ноября 1920 года специальным Постановлением Совета Труда и Обороны был создан Особый отдел ВЧК, в состав которого вошли и авиационные подразделения. Однако началом истории авиации ФСБ принято считать 14 августа 1923 года. Тогда состоялся приказ ГПУ "О формировании авиационных звеньев". В целях усиления войск ГПУ техническими средствами планировалось сформировать пять авиаотрядов общей численностью 30 самолетов различных систем.
Спустя девять лет, 21 июля 1932 года, выходит Постановление Совета Труда и Обороны о создании авиаотрядов в пограничных войсках. В ноябре того же года был утвержден план формирования авиационных частей Главного управления пограничной и внутренней охраны ОГПУ на 1932-1934 годы. К осени 1935 года авиаэскадрилья, авиаотряды и звенья появились по всей стране - от Туркмении до бухты Провидения.
Вплоть до 1939 года авиационные части располагали одномоторными двухместными самолетами Р-1, Р-3, Р-5, По-2, гидросамолетами МБР-2 и Ш-2.
Серьезным испытанием для авиации специального назначения стала Великая Отечественная война. Летчики-чекисты самоотверженно сражались на Севере, Балтике, Черном море. Авиаторы забрасывали в тыл врага разведчиков и оперативно-боевые группы, осуществляли связь со штабами фронтов и партизанских отрядов, доставляли вооружение и боеприпасы, питание и медикаменты, вывозили больных и раненых.
На летчиков возлагались и особо важные задания. Именно авиаторы-чекисты доставили делегацию СССР на Тегеранскую конференцию, а на Нюрнбергский процесс - плененного под Сталинградом Паулюса.
Опыт, накопленный в годы войны, активно внедрялся в повседневную практику в 50-60 годы прошлого столетия. Появлялись новые самолеты, которые успешно несли дозорно-разведывательную службу как на суше, так и на морских участках границы. Взаимодействуя с пограничными кораблями, наводили их на обнаруженных с воздуха нарушителей.
Особый упор делался на особый подбор и подготовку кадров, поддержание морального духа летчиков, техническое обеспечение и обслуживание авиатехники.
Высокий уровень мобильности и секретности продемонстрировали авиаторы, участвуя в специальных операциях в Афганистане. Благодаря профессионализму и самоотверженности летчиков были спасены тысячи жизней советских солдат.
90-е годы прошлого столетия стали для авиации ФСБ одними из самых тяжелых. После реорганизации Комитета государственной безопасности авиации не стало в его составе. А ведь именно в это время увеличились преступность, экстремизм. Появилось самое страшное заболевание общества - терроризм. Подразделениям органов государственной безопасности все чаще приходилось выезжать в места контртеррористических операций. С доставкой спецподразделений возникали большие сложности. Использование авиатранспорта других ведомств, в том числе, приводили к большой потере времени.
В 1999 году было принято решение о создании своей авиации в системе ФСБ России. Для этих целей Минобороны передало самолеты Ту-154, Ту-134 и два вертолета Ми-8. Воссоздание авиации ФСБ России поручили Герою России генерал-лейтенанту Николаю Федоровичу Гаврилову, который впоследствии ее и возглавил.
В 2003 году в состав авиации ФСБ перешла пограничная авиация. Собственно, авиация Пограничной службы всегда была в системе органов государственной безопасности и только в 1993 году, после вычленения Федеральной пограничной службы в самостоятельную структуру, сменила статус. В итоге мобильные, боевые и специальные возможности ФСБ снизились.
Сегодня авиация ФСБ качественно и профессионально обеспечивает служебную и боевую деятельность не только Пограничной службы, но и других служб ФСБ России. Более того, эффективность использования авиации в интересах охраны границы возросла.
День Воздушного флота России (День Авиации) отмечается в третье воскресенье августа на основании Постановления Президиума Верховного Совета Российской Федерации от 28.09.92 № 3564-1 "Об установлении праздника День Воздушного флота России". 
